В соответствии с постановлением Правительства Пензенской области «Об организации работы по реализации на территории Пензенской области отдельных государственных полномочий, переданных Российской Федерацией органам государственной власти субъектов Российской Федерации» на Министерство здравоохранения и социального развития Пензенской области возложены функции по реализации следующих полномочий: осуществление контроля за соответствием качества оказываемой медицинской помощи установленным федеральным стандартам в сфере здравоохранения (за исключением контроля качества высокотехнологичной медицинской помощи, а также медицинской помощи, оказываемой в федеральных организациях здравоохранения) .
В функции министерства вошло также лицензирование медицинской деятельности организаций муниципальной и частной систем здравоохранения (за исключением деятельности по оказанию высокотехнологичной медицинской помощи);фармацевтической деятельности (за исключением деятельности, осуществляемой организациями оптовой торговли лекарственными средствами и аптеками федеральных организаций здравоохранения); деятельности, связанной с оборотом наркотических средств и психотропных веществ (за исключением деятельности, осуществляемой организациями оптовой торговли лекарственными средствами и аптеками федеральных организаций здравоохранения).